Клінічною базою кафедри фтизіатрії і пульмонології НМАПО імені П.Л. Шупика є ДУ «Національний інститут фтизіатрії і пульмонології ім. Ф.Г. Яновського НАМН України» (НІФП). На базі кафедри доступні найсучасніші методи діагностики захворювань органів грудної клітки, що в складних диференційно-діагностичних ситуаціях дозволяють встановити остаточний діагноз і внести корекцію в тактику ведення хворого